两个月婴儿频繁放屁，而且放屁很臭，引起这种情况发生的主要原因是由于胃肠道功能紊乱或者消化不良以及急慢性胃肠炎，影响到肠道内的益生菌数量和质量，或者是减少，或者是菌群失调从而造成人体对于肠道内的蛋白质类食物不能够正常的分解，产生了大量的氨气。

首先说第一种情况是胃肠道功能紊乱。这种情况经常会在婴幼儿期间出现，因为婴幼儿的身体发育在出生以后这个阶段所有的功能还不够完善，因此，在受到外界的物理或者化学因素的影响以后很容易出现紊乱，这样的因素包括温度，吃奶的数量以及质量等等方面，任何一个轻微的影响都会导致胃肠功能的紊乱。

第二种情况就是胃肠的消化功能弱。这取决于肠道内的各种消化酶，包括蛋白类的消化酶，脂肪类的消化酶，产生肚子胀放臭屁的现象主要是蛋白类的消化酶缺乏，导致肠道内不能对所有蛋白质进行及时的分解吸收，从而导致蛋白质堆积被细菌分解以后产生过多的氨气，所以造成腹胀。还有一些婴幼儿是由于脾胃虚弱导致的胃肠的运化功能不足，所以不能及时的消化食物。

第三种情况就是肠道中的益生菌缺乏。肠道内益生菌和条件致病菌共同存在，当肠道内的菌群出现比例失衡以后，正常的消化功能就会受到影响，因此，就会导致消化不良的出现，及时的补充益生菌以后，这种现象就会迅速的消失。

总之，两个月婴儿的胃肠道功能比较脆弱，容易受多种因素的影响，所以，要给予综合治疗。