新生儿肠胃炎是指新生儿时期出现的胃肠道症状如呕吐，大便次数增多和大便性状改变，导致出现体温改变如发烧或者低体温、水电解质紊乱、酸碱失衡、尿少、皮肤干燥、精神状态改变、腹部膨隆、哭闹无泪、皮肤弹性不好、皮肤花纹或者皮肤瘀点瘀斑等异常改变。

新生儿肠胃炎的导致原因有感染性肠胃炎的原因有细菌如致病性大肠埃希菌、产毒性大肠埃希菌、侵袭性大肠埃希菌、肠出血性大肠埃希菌、肠凝聚粘附性大肠埃希菌五种。鼠伤寒沙门菌或者新港沙门菌、阿哥纳沙门菌、斯坦利沙门菌等可以导致暴发流行性腹泻。空肠弯曲杆菌、胎儿弯曲杆菌、耶尔森菌、金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌、变形杆菌、产气单胞菌、志贺菌、嗜盐菌等。病毒有轮状病毒、诺如病毒、柯萨奇A、B型病毒、埃可病毒、肠腺病毒、星形病毒、冠状病毒、嵌杯样病毒等。真菌有白色念珠菌。寄生虫有隐形孢子虫、蓝氏贾第鞭毛虫等。新生儿肠胃炎非感染性原因有碳水化合物不耐受如乳糖不耐受、葡萄糖-半乳糖不耐受、继发性双糖不耐受等。牛奶蛋白过敏或者蛋白质吸收障碍如牛乳蛋白过敏、肠激酶缺乏症等。其他少见原因导致的腹泻包括先天性失氯性腹泻、先天性失钠性腹泻、免疫缺陷病、极早发型炎症性肠病、先天性微绒毛包涵体病等。