甲状腺功能亢进症伴有恶性突眼在临床上是非常常见的一种并发症，这也是甲状腺功能亢进症比较严重的一类并发症，并且治疗比较困难，而对于甲状腺功能亢进症恶性突眼的治疗大致有以下几个方面：

第一，控制甲亢，这是最基础也是最重要的一方面，控制甲亢的方法主要包括口服抗甲亢的药物，在临床上常常选择甲巯咪唑或丙基硫氧嘧啶，碘131治疗也是甲亢常用的一种方法。除此之外，对于严重的甲亢伴有甲状腺肿而压迫气道也可以选择手术治疗的方式。

第二，对于甲亢伴有恶性突眼，可以选择药物的方式缓解突眼，对于活动性的突眼或者恶性突眼，还有比较常见的浸润性甲亢突眼，是需要选择激素类的药物进行治疗的，同时有的患者也需要应用免疫抑制剂进行治疗，临床上常用的激素包括强的送、甲强龙、地塞米松等药物。

第三，重度甲亢恶性突眼，需要冲击治疗，往往是静脉滴注甲基强的松龙这样的方式强化治疗，即是冲击疗法，往往效果比较显著，另外，也可以选择手术进行治疗以及中医的方法进行治疗等。激素治疗一般不建议长期使用，可能会引起一些副作用包括肥胖、肝损害以及骨质疏松和血糖升高等。

总结，甲亢恶性突眼是临床上非常严重以及很难治愈的疾病，往往影响患者的视力，使患者痛苦不堪，积极的治疗甲亢恶性突眼非常重要，通过以上方式在医生的指导下积极治疗，病情会得到一定的好转。