上呼吸道感染和流感都是呼吸系统感染性的疾病，但是在致病病原体及临床表现上存在一些差别。

首先上呼吸道感染不是一个疾病，而是一组疾病的总称，包括的种类比较多，比如普通感冒，病毒性咽喉炎，疱疹性咽峡炎，扁桃体炎等。狭义的上呼吸道感染又称普通的感冒，大多呈自限性，无论是儿童、老年人还是成人，每个人均有可能发生上呼吸道感染的情况，并且可以每年反复多次发生。而流感也就是流行性感冒，是由流感病毒感染所引起的一种急性传染性疾病，通常临床症状比较重，具有一定的传染性，甚至有可能会造成疾病的暴发流行，有一定的致死率。

上呼吸道感染的致病病原体比较多，大多数来自于病毒感染，比如常见的冠状病毒、呼吸道合胞病毒、柯萨奇病毒、鼻病毒等，另外一部分来自于细菌，如肺炎球菌、葡萄球菌等。大多数的上呼吸道感染，发生于身体免疫力降低的基础上，尤其是儿童、老年人，在受凉、过度劳累以后，容易导致上呼吸道感染的发生。而流行性感冒指的是由流感病毒感染所引起的一种传染性疾病，致病病原体为流感病毒，具有一定的传染性，并且临床中可以见到一些重症病例，临床症状比普通感冒更重，但是仍然有少部分的流感患者症状不是太典型，容易和上呼吸道感染相混淆。

对于上呼吸道的感染和流感最准确的鉴别就是致病病原体的分离，如果能检测出流感病毒，说明是流行性感冒，而上呼吸道感染也可以检测出相应的致病病原体，这也是两者鉴别的金标准。另外在治疗以及预后上，两者也存在一定的区别，流行性感冒需要及时的抗病毒治疗，加强隔离，预后要比上呼吸道感染更差。