怀孕40天不能进行亲子鉴定。

亲子鉴定是通过对DNA进行比对来确定亲子关系的一种方法。在怀孕40天的早期阶段，胎儿尚未发育出明显的器官和组织，无法从胎儿获取到足够的DNA样本进行鉴定。亲子鉴定通常是通过提取母亲、孩子和潜在父亲的DNA样本进行比对，来确定孩子是否与潜在父亲存在亲子关系。

在怀孕40天左右，母体中的胎儿DNA只有很小的数量，且难以提取。同时，此时的胎儿DNA与母体DNA混合在一起，很难从中分离出胎儿的纯粹DNA。

通常，医学上的亲子鉴定是在孩子出生后进行，使用孩子的血液或唾液样本进行DNA提取和比对。这样可以保证样本的完整性和准确性。因此，如果需要进行亲子鉴定，建议在孩子出生后的适当时间进行。

另外需要注意的是，亲子鉴定是一项敏感的测试，涉及到家庭关系和个人隐私。在进行亲子鉴定之前，需要慎重考虑并与专业医生或咨询师进行充分的沟通和咨询，确保了解测试的目的和可能的影响。