虽然系统性红斑狼疮目前没有根治的办法，但是规范化的治疗可以使大多数病人达到病情的完全缓解。治疗原则是早期治疗、个体化治疗以及联合用药治疗。对明确诊断系统红斑狼疮的病人，首先应该进行疾病活动度的评估。对于中重度系统红斑狼疮的治疗分为诱导缓解和维持治疗，诱导缓解的目标是强化免疫治疗以控制急性的发作，诱导疾病的缓解。维持治疗的目标是使病情长期稳定，预防疾病的复发。同时避免进一步的脏器损伤，治疗药物相关的并发症。

轻型系统性红斑狼疮的治疗可以选择非甾体抗药、抗疟药和小剂量的肾上腺皮质激素。非甾体类抗炎药可以控制关节的症状，但是长期使用需要警惕消化道溃疡出血以及肾脏、肝功能方面的不良反应。抗疟药物对系统红斑狼疮的皮疹和光过敏有效，并且对于控制系统性红斑狼疮的病情活动有重要作用。对于以上治疗病情控制不理想的病人。可以考虑联合使用硫唑嘌呤和甲氨蝶呤等免疫抑制剂。

对中重型系统红斑狼疮的治疗，往往需要使用中等剂量或大剂量的肾上腺皮质激素。病情较重时甚至需要超大剂量肾上腺皮质激素冲击治疗。合并狼疮性肾炎时，需要根据肾穿刺的病理类型来决定治疗方案。血管紧张素转换酶抑制剂，有减少尿蛋白的作用，当尿蛋白大于0.5克时可以考虑使用。

系统性红斑狼疮常用的治疗药物包括肾上腺皮质激素，抗疟药物，免疫抑制剂。常用的免疫制剂包括环磷酰胺，霉酚酸酯，硫唑嘌呤，环孢素，他克莫司，甲氨蝶呤。其他药物还包括美罗华、丙种免疫球蛋白等。

干细胞移植对一些重症系统红斑狼疮病人，可能有效。对常规治疗无效的病人可以考虑使用。