巧克力囊肿和卵巢囊肿虽然都是卵巢上的囊肿，但是却是两种不同的肿瘤，两者之间有很多区别。具体如下:

      （1）起源不同:巧克力囊肿是卵巢的子宫内膜异位囊肿，异位的子宫内膜侵犯卵巢皮质并在其内生长，反复周期性出血，形成单个或者多个囊肿型病变，称为卵巢子宫内膜异位囊肿，内含暗褐色，似巧克力样糊状陈旧血性液体，故称为“巧克力囊肿”。而卵巢囊肿则是起源于卵巢组织，其组织学类型多种多样，不同肿瘤之间也有不同的生物学行为，卵巢囊肿是一个总称，常见的组织学类型有:浆液性囊肿，粘液性囊肿等。

      （2）临床表现不同:巧克力囊肿因为是子宫内膜异位症的一种，所以其临床表现同其他内异症，表现为下腹痛，痛经，继发不孕等。而卵巢囊肿较小者大多没有症状，较大者可有腹胀，或者腹部可扪及肿块，肿瘤再增大时，还可出现蒂扭转或者破裂等。

      （3）处理方式不同:巧克力囊肿症状轻或者无症状的患者可选择期待治疗，有生育要求的轻度患者也可以先给予药物治疗，症状严重者，痛经明显者，可选择手术治疗。而卵巢囊肿一般一经发现，都建议手术治疗排除恶变的可能。

        综上所述，巧克力囊肿和卵巢囊肿的起源，临床表现，处理方式等都不同，所以这两种肿瘤不能一概而论，应该区分后再选择合适的治疗方式！