痤疮丙酸杆菌是导致痤疮的最主要的微生物，其次是糠秕孢子菌以及表皮葡萄球菌。皮脂腺分泌的皮脂在痤疮丙酸杆菌脂酶的作用下可以形成甘油和游离脂肪酸，游离脂肪酸可以导致毛囊及毛囊周围非特异性炎症反应，出现丘疹、脓疱、结节或脓肿等，并产生炎症因子、补体、白介素-1等炎症介质，诱导中性粒细胞进入毛囊皮脂腺并释放水解酶，损伤毛囊皮脂腺，从而导致痤疮。临床主要通过药物的方式来清除痤疮丙酸杆菌。

首先是抗菌素类，可外用的抗生菌素类药物包括夫西地酸乳膏、克林霉素磷酸酯凝胶、盐酸林可霉素软膏、红霉素软膏等，还可以选择过氧苯甲酰凝胶等;可系统使用的抗生素包括多西环素、米诺环素、罗红霉素等。由于耐药问题越来越受到重视，痤疮丙酸杆菌可对红霉素、克林霉素等交叉耐药，最多的当属红霉素，对四环素、氧氟沙星等也容易产生耐药，临床建议注重抗生素种类的选择，避免长期使用同一种类型的抗生素，可交替使用不同类型的抗生素以避免出现耐药性。目前过氧化苯甲酰无抗菌耐药性，外用时适用于轻度以及中度痤疮。

其次是维A酸类药物，常用的外用药物包括阿达帕林凝胶、维A酸乳膏、他扎罗汀凝胶等，常见的系统用药包括异维A酸、维胺酯等。维A酸类药物可以减轻毛囊上皮细胞角化过度以及角质层粘性，改善毛囊皮脂腺导管角化过度，减少微粉刺的形成，对痤疮丙酸杆菌也有一定的抑制作用。