治疗甲亢最常见的药物是甲硫咪唑和丙硫氧嘧啶，但是临床上可能不用这两个药。

甲亢只是一种甲状腺激素过多的状态，最常见的是细胞毒性甲状腺肿，也就是人们常说的大脖子病，由于免疫紊乱，存在促甲状腺激素受体抗体，引起甲状腺功能亢进。促甲状腺激素是自身分泌的，当甲状腺素分泌不够的时候促甲状腺激素就会分泌增多。促甲状腺激素和甲状腺的促甲状腺激素受体结合，发挥其自身作用后会解离。但是促甲状腺激素受体抗体不是垂体分泌的促甲状腺激素，是免疫细胞分泌的一种抗体，可以和甲状腺细胞上面的促甲状腺受体结合，但是因为其结构不是促甲状腺激素，没有解离功能，所以就会一直发挥促甲状腺激素的促进甲状腺功能亢进的作用。甲状腺滤泡会增大，产生更多甲状腺素，引起甲亢。因为促甲状腺激素受体抗体也能和眼底一部分细胞结合，所以也可以引起眼凸。吃甲硫咪唑和丙硫氧嘧啶只是影响甲状腺合成甲状腺素，但不能治疗眼凸。这两种药前者适合普通人，后者适合孕妇。前者容易引起白细胞降低，后者更容易损伤肝脏引起转氨酶增高。两种药都能损伤肝脏和造血，只是侧重点不一样。吃药需要定期查甲功调整用药。当然还有一种方法是碘131，这个吃一次就能治疗甲亢，但是有辐射。

其他原因引起的甲亢除了用甲硫咪唑或者丙硫氧嘧啶，还需要治疗原发病。大的原则是控制甲功基础上治疗原发病。