药流第三天吃完药后，排出孕囊的时间可以因个体差异而有所不同，通常在用药后的24-72小时内。

药流是一种用药物引导流产的方法，通过服用药物使子宫收缩排出胚胎和孕囊。在药流过程中，药物会刺激子宫收缩，从而将孕囊排出体外。

药物中常用的成分是米非司酮和米索前列醇。米非司酮作用于子宫内膜，使其松弛和脱落，而米索前列醇则刺激子宫平滑肌收缩，从而促进孕囊排出。

通常，药流第一天服药后，妊娠囊可能并没有排出，因为药物需要一定的时间才能起效。第二天和第三天是药物最为有效的时期，子宫收缩加强，妊娠囊往往在这个时候被排出。

排出孕囊的时间因个体差异而异。有的人可能在用药后的24小时内排出孕囊，而有的人可能需要72小时或更久。这取决于服药后子宫的反应、孕囊的大小和位置等因素。

在进行药流过程中，需要注意以下几点：

1.请严格按照医生的指导和药物说明来使用药物，确保剂量和用法正确。

2.药物可能引起一些副作用，如腹痛、阴道出血等，如果出现严重不适，应立即就医。

3.药流后应及时复诊，确保孕囊完全排出。如果孕囊未能完全排出，可能需要进一步治疗。