单纯疱疹病毒脑炎治疗主要是早期静脉使用抗病毒药物治疗（主要是阿昔洛韦，根据体重来计算药物剂量，一般60kg体重的病人大概剂量是每次500-600mg，每天三次），连续使用的疗程一般是2-3周，使用期间需要定期复查腰椎穿刺脑脊液检查（一般是一周左右），来了解脑脊液化验中细胞数、蛋白含量的变化，以便评估抗病毒治疗效果和指导治疗方案的调整。

这个疾病治疗的一个关键点是出现症状以后要尽早做腰椎穿刺脑脊液检查、脑核磁共振、脑电图等检查来确诊，确诊以后尽早开始使用抗病毒药物（因为病毒增长的速度很快，越早使用抗病毒药物，能最大程度抑制病毒的增长，从而减轻病毒对脑细胞的损伤，增加后期恢复的可能性）。

除了抗病毒药物以外，还可以使用营养神经、促进神经修复的药物（比如胞磷胆碱钠），对于部分重症脑炎的病人（指昏迷的那种），还需要综合的治疗和护理，这就包括营养的支持（可以安置胃管，使用营养液进行胃肠内营养，有的患者可能还需要静脉输注营养液和人血白蛋白）、并发症的预防和护理（包括肺部感染、尿道感染、深静脉血栓）。

后期遗留有肢体功能残疾的还需要进行康复训练。

总的来说，单纯疱疹病毒性脑炎的治疗主要是在疑似或确诊后要尽早启动抗病毒治疗，足量足疗程使用抗病毒药物。