大多数的新生儿脑炎预后比较好，不会留有后遗症，但是仍然有少部分病例，尤其是重症病例，会有一定后遗症的发生。

新生儿脑炎是由多种致病微生物感染所引起的中枢神经系统感染性的疾病，常见的有病毒、细菌、真菌、立克次体等。不同的机体临床表现不一样，病情的轻重也是不一样的，大多数普通病例可以有效的恢复，不会留有后遗症，一些患者经过急性期的治疗以后，可能会留有不同程度的后遗症表现。

常见的新生儿脑炎后遗症有以下几方面，首先是智力方面的改变，表现为新生儿智力低下，记忆力、定向力、理解力减退，严重的可以以痴呆为主要表现，甚至有可能是不可恢复性。查体可以发现新生儿表情淡漠，眼神呆滞，情绪异常，反应能力明显下降等。其次表现为神经系统损害的后遗症表现，比如失语，视神经萎缩，吞咽困难，瘫痪，反复发作的癫痫等神经系统损害表现。患儿还可以遗留有多汗，流涎等自主神经功能失调后遗症。尤其是遗留有脑积水、反复癫痫发作、运动障碍者，预后比较差，恢复起来比较慢。

对于新生儿脑炎，应该充分意识到严重性，早期提高诊断率，及时正规的治疗，对于疾病恢复期应该加强针对于后遗症的处理，早期干预治疗可以有效减轻或者消除后遗症的表现，有利于改善长期预后。