霉菌性阴道炎是由霉菌感染引起的。约80~90%的霉菌性阴道炎是由白色念珠菌感染引起的。

正常情况下，女性的阴道中有许多常住菌，能起到防御作用，维持着女性阴道的正常环境。在雌激素的影响下，阴道上皮发生保护性增生，并在细胞内储存大量糖原。因为酶和阴道菌群的作用，使这些糖原酵解产生乳酸，保持阴道内酸性，使阴道ph值经常维持在4到5。这种环境能够抑制大多数细菌的生长，起到阴道自净的作用。但是，在手术创伤，分娩，流产，以及应用大量免疫抑制剂以及应用抗生素等情况下，阴道内的这些正常菌群发生失调，引起阴道炎。

最适合霉菌繁殖的阴道ph值为5.5。有10%到20%的正常女性阴道中可能有少量白色念珠菌，但并不引起症状。只有身体抵抗力低下时，念珠菌达到相当数量时才导致霉菌性阴道炎。如应用免疫抑制药物的患者，容易患霉菌性阴道炎。孕妇，糖尿病及接受雌激素治疗的患者，因为阴道上皮细胞糖原增多，酸性增强，霉菌快速繁殖引起霉菌性阴道炎。长期应用广谱抗生素及肾上腺皮质激素的女性，可使身体的菌种菌群发生紊乱而导致霉菌性阴道炎。霉菌性阴道炎也可以通过性传播引起。

中医学认为，霉菌性阴道炎是有湿热之邪侵犯下焦，或者脾虚生湿，湿浊蕴蒸下焦，霉菌产生而发病。