结合最好的确诊方式，是病原学诊断，就是在病人的痰液、分泌物或者病理组织里面直接找到结核杆菌或者结核杆菌感染的依据。其次是病理诊断，通过病例组织切片，虽然可能找不到结核杆菌（细菌可能死亡了），但是可以发现结核病灶，一般表现为典型的坏死病灶，结核的可能性是非常大的。

1、细菌学检查

细菌学检查，包括痰液结核杆菌涂片，也叫抗酸染色。如果在痰液用找到了抗酸杆菌，是可以确诊的。其次，是结核杆菌的培养，由于结核杆菌生长缓慢，培养需要很长一段时间，通常需要2~4周左右的时间，结核杆菌菌落才能够长出来。

除了使用痰液，也可以使用一些分泌物和支气管灌洗液涂片和培养结核杆菌，结果阳性也是可以作为确诊依据的。

2、分子生物学检测

分子生物学检测，是运用聚合酶链反应（PCR）技术，将标本中微量的结核杆菌DNA加以扩增，如果检测到阳性，再结合临床症状和影像学表现，也是可以确诊的。使用的标本，可以是是痰液、分泌物和支气管灌洗液、病理组织等。

3、病理学检查。

病理学检查，是使用病变组织来检测有没有结核的病理变化。如果发现干酪样坏死灶，通常是结核病比较常见的表现，和结核的临床表现相符，也是可以确诊的。

总之，在正常情况下，找到结核杆菌是诊断的金标准。但如果实在找不到结核细菌，则要运用医生的丰富临床经验，结合临床表现和其他检查结果，共同来确诊。