错颌畸形，是由遗传和环境因素两方面的原因形成的。临床上其发病机制相当复杂。

遗传因素。遗传因素可分为种族演化和个体发育两部分。在人类漫长的进化过程中，由于食物从粗糙到精细，由坚硬到质软，使得咀嚼器官逐渐退化，表现为骨骼和肌肉的退化速度较快，而牙齿的退化速度较慢。因此，在人类整体的历史发展过程中，错颌畸形是越来越明显的。目前错颌畸形的总体发生率高达90%。另一方面，个体遗传也是错颌畸形形成的重要因素，尤其是骨性反颌，在亲代和子代中常常可同时发生。目前认为，错颌畸形属于多基因遗传，且受外界因素的影响。

环境因素。一些口腔不良习惯，比如说吮吸手指，咬下唇，吐舌。吮吸手指可造成前牙开合，深覆盖;咬下唇可导致前牙唇倾，开唇露齿;吐舌可导致前牙开合。儿童替牙障碍包括乳牙早失，乳牙滞留, 恒牙早失，乳尖牙磨耗不足，先天缺牙，多生牙等也会诱发错颌畸形。此外，口呼吸时，气体经口腔入肺，长期的口呼吸可导致牙弓狭窄，牙列拥挤，腭盖高拱，面形狭长等。异常的吞咽形式可导致上前牙唇倾，下颌后缩，加重II类骨面型。一些先天性的颅颌面发育异常，比如说唇腭裂，常伴有牙齿数目，形态，萌出的异常，骨量的缺失使得唇腭裂的矫正更为复杂。