癌抗原CA125在子宫内膜异位症患者中可以出现增高，但很少超过200单位/毫升，因此对于巧克力囊肿的患者引起CA125的轻度升高属于正常反应。但是CA125是目前世界上应用最广泛的卵巢上皮性肿瘤标注物，多数应用在卵巢上皮性肿瘤术前以及术后，了解病情进展监测的指标。一般不是卵巢巧克力囊肿特异性的检查。