二者最大的区别就是病原体的不同，新型冠状病毒肺炎的病原体就是新型冠状病毒，它需要做抗原检测或者是咽拭子等pcr来明确而非典型肺炎的病原体能主要有支原体衣原体，立克次体，还有腺病毒，噬肺军团菌包，还有甲型流感的主要是一些不明的微生物，这些微生物导致机体损害，以后主要是因为其临床表现和典型的细菌性肺炎的表现是不同的，但是她感染的主要症状和流感非常的相似，查血常规时白细胞往往不升高或者升高不明显。但是又表现出来发热，肌肉酸痛等症状，同时伴有肺部感染，常见于一些没有基础疾病的青年患者，但是会通过呼吸道传染引起流行，而新型冠状病毒他的疾病发展相对比较缓慢，在感染后的三天逐渐出现严重的全身疲乏，呼吸道的症状，同时很多伴有味觉和嗅觉异常等症状。