导致生化妊娠的原因有很多，并不都是母体的因素，还包括胚胎因素、父亲因素以及环境因素。 首先，胚胎的染色体结构或者数目异常，会导致生化妊娠。其次，母亲因素包括严重的全身性疾病。子宫存在异常，如子宫畸形、子宫肌瘤、腺肌瘤、子宫腔粘连，这些因素会导致胚胎着床出现障碍。再者，女性有内分泌异常及免疫长也会影响胚胎的生长发育。孕妇受到强烈的刺激和心理刺激以及紧张、焦虑、恐惧，还有不良生活习惯也会导致生化妊娠。再者，父亲精子染色体存在异常，孕妇在生活中过度接触放射线以及化学物质都会导致生化妊娠。