不来月经相对来说巧克力囊肿是不会复发的，因为巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，到目前为止子宫内膜异位症发病的原因尚不清楚，但研究表明属于激素依赖性疾病，尤其和雌激素是有关系的。不来月经了，说明卵巢的功能已经受到抑制了，所以说分泌雌激素和孕激素的功能也受到影响了，囊肿受不到激素的刺激，所以说就不会复发的。但是一旦停止药物的治疗，月经恢复之后，囊肿有可能还会复发的。