巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，子宫内膜异位症到目前为止原因还是不很清楚的，但研究表明属于激素依赖性疾病，现在囊肿两个厘米是不会消失的，目前只能观察囊肿增长的情况，可以3~6个月做一个B超检查，如果囊肿不断的增长超过5个厘米了，而且痛经越来越严重了，那就得手术进行治疗。