胚胎停止发育的病因主要包括胚胎因素，母体因素，父亲因素以及环境因素，胚胎的染色体异常，占有胚胎停止发育的大部分原因，胚胎停止发育的发生时间越早，那么胚胎染色体异常的概率就会越高。而母体因素包括母体排斥，封闭抗体缺乏，抗磷脂抗体综合征；母体内分泌因素，黄体功能不全，多囊卵巢综合征，高泌乳素血症，甲状腺疾病以及糖尿病；母体的生殖器官有异常，比如先天的子宫畸形，子宫肌瘤，子宫息肉，子宫腺肌症，宫腔粘连都会影响胚胎的着床和发育。其次还包括母体感染一些病毒微生物；精神和心理压力过大；接触了一些有毒有害的化学物质或者是放射性物质。父亲的精子染色体存在异常。