胃酸反流，最主要的是对食管的损害。 反流的物质，大部分的成分是胃酸，胃酸对食管黏膜存在腐蚀性，长期慢性的、酸的刺激会刺激食管产生病变，增加罹患食管炎、食管癌的概率。另外，有些反酸的现象也是食管炎本身所引发的。胃酸会进一步刺激食管炎的炎症的部位，加重病情的发展。此外，胃酸反流还可引起胃黏膜炎症，出现糜烂性、增生性或者活动性的炎症、胃溃疡甚至诱发胃癌。反流液可反流可导致咽喉炎，当患者卧床休息或者睡眠时，反流液可吸入气管引发呛咳，或者严重的会引起吸入性的肺炎。