打喷嚏后肩胛骨痛，主要原因如下：在打喷嚏开始时膈肌会舒张，并且胸腔体积增大，吸入更多的空气，然后空气经过鼻腔快速喷出，胸腔体积也急剧缩小，膈肌快速收缩，从而牵扯肩背部肌肉，引起肩胛骨活动。这个过程中，因为时间很短促，力量很大，所以可能引起包括肩胛骨在内的多处疼痛。由于打喷嚏而受到影响的部位有颈肩部、腹部、胸背部，这些部位均有可能会引起疼痛的症状。打喷嚏的力量很大，甚至有人因为打喷嚏造成腹压过大，而引起皮质裤带断裂的例子。