早晨咳痰发黄首先考虑是呼吸系统相关疾病的症状，如急性上呼吸道感染、急慢性咽炎、支气管炎、肺炎、肺结核、支气管哮喘、肺脓肿、支气管扩张和肺恶性肿瘤等，如果想要明确病因，需要进行相关检查，包括:电子喉镜检查、肺部x线检查或肺部ct检查、结核菌素试验、肺功能检查和支气管激发试验、血常规、血沉等，必要时还需要进行支气管镜检查，根据检查结果，才能够明确病因，然后再对症治疗。