巧克力囊肿手术后有复发的可能，因为巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，子宫内膜异位症到目前为止原因是不明确的，但是研究表明属于激素依赖性疾病。手术之后由于卵巢的功能还是正常的，卵巢要分泌雌激素和孕激素，所以说就会导致巧克力囊肿复发的。