新生儿衣原体阳性，说明孩子有衣原体感染，新生儿衣原体感染主要是通过母婴垂直传播，见于小婴儿起病缓慢，多不发热或者是仅有低热，一般状态良好开始，开始可有鼻塞、流鼻涕等上呼吸道感染的症状，百分之五十的患儿有结膜炎，孩子衣原体感染以后，大约在一周到两周的时间会出现眼睑肿胀充血伴有一些脓性分泌物，新生儿衣原体感染，还会出现肺部感染的情况，出现咳嗽气促，鼻塞。