肠息肉的发生原因比较复杂，一般来说与遗传因素、基因突变以及长期的慢性的炎症刺激以及不良生活习惯，都可能诱发肠息肉的发生。家族遗传因素中，如家族性多发性息肉病、黑斑息肉病、直肠多发性息肉。在家族性病人中，发生率比较高。慢性炎症刺激，如溃疡性结肠炎、克罗恩病慢性炎症刺激，导致肠道粘膜损伤，刺激肠粘膜上皮的增生，从而导致息肉的生成。少部分由于其他部位的肿瘤，如消化道的肿瘤、子宫膀胱的肿瘤引起肠道息肉的异常增生以及长期的不良的生活习惯，如饮食辛辣刺激的食物，作息时间不稳定，导致内分泌的失调，都可能导致肠息肉的发生。