根据感染的部位不同，细菌感染可能会分为消化道肠道细菌感染、呼吸道细菌感染、以及动物源性细菌感染。消化道肠道细菌感染包括沙门菌素、霍乱菌素、溶血性弧菌素、幽门螺旋杆菌等等，这种情况下可能会出现消化道恶心、呕吐、腹泻、腹胀的症状。呼吸性感染包括结核分枝杆菌、百日咳、或者是白喉杆菌。动物源性的细菌感染包括鼠疫、布氏杆菌等等。还有的时候包括一些螺旋体细菌感染，比如勾端螺旋体、梅毒螺旋体引起的细菌感染。另外还包括支原体细菌感染、衣原体细菌感染等。