传染性软疣的治疗包括外用药物治疗。外用药物包括百分之15到20%的水杨酸制剂。水杨酸制剂可以精准的涂抹于皮损处，可以加速皮损的消除。水杨酸联合聚维酮碘溶液治疗效果比单独使用水杨酸更好。另外，可外用咪喹莫特霜剂，咪喹莫特霜剂可以用于免疫功能不全或免疫抑制患者。它可以有效的清除疣体，西多福韦制剂，这是一种抗病毒药物，制剂有百分之1到3%的软膏或霜剂。其他也可以用维E酸软膏、5%的氢氧化钾溶液、硝酸银乳膏。