小儿慢性腹泻是指病程大于2月的腹泻病。治疗首先要明确引起慢性腹泻的具体病因做到有针对性的治疗。1.肠道菌群失调引起的需用益生菌类调整。2.乳糖不耐受可吃乳糖酶或吃去乳糖的腹泻奶粉。3.过敏性腹泻病需避免接触过敏原。牛奶蛋白过敏者需吃特制奶粉，如完全水解奶粉或氨基酸奶粉。4.慢性炎症引起的需反复做大便细菌培养，选择敏感的抗生素。5.中医辨证施治，并可配合中药、推拿、捏脊等。