巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种，目前发病原因还是不清楚的，研究表明属于激素依赖性疾病，囊肿6公分了相对来说还是比较严重的，有可能会影响卵巢的功能，从而会影响月经的和排卵的，对于这种情况最好是手术治疗，可以做微创手术进行治疗。