宫内囊肿的病因是多方面的，首先是炎症导致的，比如有子宫内膜炎，阴道炎或者宫颈炎逆行感染，炎性渗出不能自行排出，时间长了就形成宫内潴留的囊肿；其次是炎症的愈合过程中，子宫表面的鳞状上皮覆盖，堵塞腺管，分泌物不能排出导致的。