婴儿肝炎综合征不同的病原菌感染、不同的年龄，可以有不同的临床症状，但总的就是以肝脏的损害和病理性肝脏体征为主要临床表现。巨细胞病毒感染的患儿，如果是在新生儿期，可以表现为高胆红素血症、肝脾的肿大、脑畸形、脉络膜视网膜炎，可以导致肝胆系统受损而引起胆管炎症反应而导致胆汁淤积或胆道闭锁，而单纯疱疹病毒感染它可以损伤各个脏器，表现为发热、气促、抽搐、出血性休克、肝炎，而新生儿的病情会更重，可以出现暴发性肝功能衰竭，甚至是死亡。