头疼检查磁共振或者CT，各有其优缺点，两者是不能完全相互代替的。 头疼并非都是颅内的原因，借助于颅脑的CT或磁共振影像学检查，主要是用于排除一些颅内的器质性病变，比如脑出血的患者，可以引起头痛，这种情况下，颅脑CT检查效果会更好一些。有些患者是发生脑梗死、脑炎等引起的头痛，这种情况下，颅脑磁共振的效果会更好一些。而一些脑部肿瘤病变引起的头痛，颅脑CT或磁共振都可以检查，但最好是采取增强扫描的形式，会看的更加清楚一些，需要加入造影剂后再行CT或磁共振扫描。还有很多头痛，如偏头痛、丛集性头痛、紧张型头痛的患者，颅内是没有器质性病灶的，这些在进行CT或磁共振检查的目的，是为了排除有明确的病变。