由于子宫内膜异位到卵巢组织而引起巧克力囊肿，这种疾病非常容易复发，由于子宫内膜可以种植在腹腔任何部位，所以单侧巧克力囊肿会进一步发展，很容易出现双侧巧克力囊肿的情况，需要根据病情必要时选择手术治疗，切除病变组织，术后需要服用孕三烯酮或亮丙瑞林等药物控制病情复发。