移植囊胚胎儿的畸形率和正常的自然妊娠畸形率是相似的，并没有显著增高的趋势，无论是做试管婴儿移植囊胚还是自然妊娠，那么在怀孕过程中都有可能发生胎儿的畸形，但是畸形率并不高。 胎儿的畸形一般是和男女双方的遗传，叶酸的缺乏，母体宫腔病毒的感染或者是宫腔形态的异常等等都可能造成胎儿的畸形，同时对于高龄的产妇来说大于35岁以上胎儿的畸形率也是明显的升高的，和卵子精子的质量有一定的关系，那么无论是做试管还是自然怀孕一定要遵照医生的嘱咐定期的做产前检查，胎儿在每个时期生长发育是不同的，那么要遵医嘱定时做彩超，抽血来排除一些大的畸形。