眼皮上的扁平疣怎么去除，这个要根据具体的数量以及在眼皮上的位置，通常可以通过擦药或者是物理治疗的方法来处理。如果数量不是特别多，可以考虑使用液氮冷冻或者是电离子烧灼的方法来处理，如果数量比较多，而且常规治疗可能出现瘢痕的时候建议使用局部药物外擦，可以选择2%的氟丙二醇或者是5%的氟软膏，也可以考虑使用3%的肽丁胺软膏，效果不佳的可以考虑使用干扰素或者是处方中药来治疗，尤其是数量比较多，又担心出现后遗症的患者，可以考虑到当地的正规中医院皮肤科面诊处方用中药来治疗。