男性生殖器疱疹容易反复的发作。所以在发作期间，需要早期及时的应用抗病毒药物以减少复发的几率。常用的药物包括阿昔洛韦、伐昔洛韦或泛昔洛韦。一般如果频繁的复发，即每年复发超过六次，可每日长期坚持服用药物。另外，对于复发性生殖器疱疹也可配合使用调节免疫力的药物。如转移因子口服液，卡介菌多糖核酸等等。随着病程的推延，复发会有减少的趋势。另外，生殖器疱疹的复发也与饮酒、食物辛辣刺激性食物，疲劳、感冒、焦虑、紧张等因素有关系。