藏毛窦和肛瘘哪个更严重并不能一概而论，两者是发生在不同位置的感染性疾病，肛瘘主要发生在肛周，而藏毛窦主要发生在骶尾部，常见于多毛体质的男性。 肛瘘有简单低位肛瘘和高位的复杂性肛瘘。一些低位的单纯肛瘘，手术一般一个月左右就可以完全愈合，术后要注意生活饮食习惯，复发率是比较低的。而高位复杂肛瘘，由于瘘管走形复杂，有时还有分支，侵袭的层面也比较高，所以手术难度比较大，术后也比较容易复发。而藏毛窦由于在骶尾部，血供比较差，伤口长的时间会比较长。如果缝合也容易造成愈合不良或者局部有感染，而出现切口裂开的情况。所以术前要设计好切口。