巧克力囊肿的治疗有好几种方法，也可以保守，也可以手术治疗，这种情况要具体看看巧克力囊肿的大小，以及对患者的影响。 比如巧克力囊肿比较大，大于五厘米以上，这种情况一般是考虑手术治疗的，还有一种情况就是建议保守治疗，观察半年或者是一年左右检查，看看囊肿的大小，如果是长时间内没有增大，建议观察不需要手术。还有一种情况如果患者有腹痛或者是痛经的表现，这种情况也可以用短效避孕药来保守治疗，如果患者有合并继发性不孕，或者是原发性不孕的这种情况，也有可能和巧克力囊肿有很大的关系，所以这种情况，要根据个人的情况，因人而异，每个人的治疗方法都不尽相同。