藿香正气水和阿莫西林是没有禁忌的，可以同时使用。但从药物的吸收以及对胃的刺激来讲，我们可以隔开半小时服用，这样吸收效果更好，人体可能达到的效果也更为确定。但如果已经同时服用了，不用过于担心。在服用这两个药的同时还要注意本来原发病的治疗，藿香正气水主要用于消暑，阿莫西林主要是用于抗感染。要看这两个药是否有联合用药的必要，否则达不到好的治疗效果，影响疾病恢复。