巧克力囊肿是子宫内膜异位症导致的，关于子宫内膜异位症的病因尚不能完全明确。但子宫内膜异位症是激素依赖性疾病，一般自然绝经或者人工绝经后，异位病灶可逐渐萎缩吸收。妊娠或者使用性激素抑制卵巢功能，可暂时阻止疾病的发展，尚不能肯定一定能痊愈。