引起患者跑步时小腹痛的原因有很多，如果在跑步前吃饭过多，或者进食了一些生冷刺激性的食物，跑步会加速消化，导致胃肠道的刺激加强，从而出现小腹疼痛的现象，其次，剧烈跑步的时候也可能会导致胃肠痉挛肠扭转，造成小腹疼痛。本身就患有结肠炎，阑尾炎等疾病，如果此时剧烈运动，跑步的，可能会诱发或加重疾病，也可能会出现跑步时出现小腹疼痛的症状。需要在就诊时及时的明确病因，而对于阑尾炎，可能需要手术切除治疗。