头痛的发病机制比较复杂，主要是颅内外的透明结构遭受到刺激。透明结构，通过传导通路传到大脑皮层，引起头痛症状。 颅内的透明结构包括有脑膜前动脉、中动脉以及静脉窦，颅底的硬脑膜，以及颅底神经，比如三叉神经、舌咽神经、迷走神经，而颅内的透明结构包括有骨膜以及头部的皮肤、皮下组织、腱膜以及颈部肌肉和额外的动脉，口腔黏膜，鼻腔黏膜也是透明结构。另外，一些机械化、化学性或者是生物刺激，以及体内生化改变，也可以刺激头内的透明结构引起头痛症状，脑血管疾病会引起颅内感染、占位、肿瘤也会出现疼痛的出现，需要进行相关的检查来寻找具体病因。