卵巢巧克力囊肿一旦破裂，建议手术治疗。 手术的治疗目的是切除病灶，恢复解剖结构，适用于药物治疗后症状不缓解，局部病变加重或者生育功能未恢复者。有较大的卵巢内膜异位囊肿或者是破裂，腹腔镜手术是首选的手术方法，手术分为保留生育功能手术以及保留卵巢功能手术，还有根治性手术。保留生育功能的手术要贴近或破坏所有可见的异位内膜病灶，分离粘连，恢复正常的解剖结构，但保留子宫以及一侧或者双侧的卵巢，至少要保留部分的卵巢组织，而保留卵巢功能的手术是指切除盆腔内病灶以及子宫，保留至少一侧或者部分的卵巢，而根治性手术是指将子宫双侧附件及盆腔内所有异位内膜病灶均切除或者是清除。