怀孕45天自然流产了，能不能流干净，那要观察阴道出血的情况。如果阴道出血一周之内干净了，说明流产就干净了，如果超过10天还不干净，有可能就是流产不干净导致的，这个时候就要做一个B超检查，看一下宫腔内的具体情况，如果残留的东西很少，可以用一些排瘀的药物进行治疗，比如益母草胶囊或者是产后逐瘀胶囊，这期间要适当的活动利于子宫的收缩，如果残留的东西比较多，会影响子宫收缩，有导致大出血的，可能这个时候就要行清宫手术的。