导致胚胎停止发育的病因十分复杂，无论是夫妻双方的问题还是胚胎本身的问题，或者是环境等客观因素，都会导致胚胎停止发育。发生胚胎停止发育的时间越早，胎儿染色体出现异常的可能性就越大，这也是胚胎停止发育的大部分原因。其次，还包括母体的免疫因素，如母体排斥、抗磷脂综合征；母体的内分泌因素，如黄体功能不足，多囊卵巢综合征，高泌乳素血症，甲状腺疾病和糖尿病；母体的子宫畸形，合并了子宫肌瘤、子宫腺肌瘤，这些因素都会导致胚胎停止发育。其次，在孕期接触了一些有毒有害的物质、放射性物质，感染了病原微生物，也会导致胚胎停止发育。