巧克力囊肿如果大于三厘米并且有持续增大的倾向并且有严重的痛经，一般是需要做手术的。 巧克力囊肿也是卵巢子宫内膜异位症的一个表现，一般来说只会持续增大不会自行消失。 对于很小的巧克力囊肿可以口服短效避孕药或者打亮丙瑞林，曲普瑞林，假绝经疗法，使短时间内不来月经小的内膜异位病灶萎缩，坏死。 但是超过三厘米的巧克力囊肿就很少能够使用药物治疗好。一般都是建议做腹腔镜手术切除巧克力囊肿。 同时，还可以对盆腔内其他的子宫内膜异位病灶进行治疗。