先天输卵管畸形是由副中肾管衍生物发育不全所致的异常，副中肾管为女性生殖道的始基，分化成输卵管、子宫和阴道上段，输卵管发育异常有单侧输卵管缺失，双侧输卵管缺失，单侧副输卵管，输卵管发育不全、闭塞或中段缺失，类似结扎术后的输卵管。输卵管发育异常是不孕的原因之一，亦可能导致输卵管妊娠。