巧克力囊肿，如果有手术指证不进行手术，可能会给女性带来一定的影响。如导致下腹部疼痛以及进行性加重的痛经，有可能造成不孕的风险。因为囊肿可能会导致盆腔微环境的改变，影响精卵结合以及运送。免疫功能异常，可能会导致抗子宫内膜抗体增加，而破坏子宫内膜正常代谢及生理功能。由于囊肿的存在，卵巢功能会存在异常，受到影响，有可能导致排卵障碍或者黄体形成不良等等。另外，囊肿如果比较巨大，可能会导致性交的不适，还有部分的患者会出现月经量的增多。经期延长以及月经淋漓不尽。